Hiến chương SNG thiết lập Hội đồng Bộ trưởng Quốc phòng, được trao trách nhiệm điều phối hợp tác quân sự với các quốc gia thành viên SNG. Hội đồng phát triển các tiếp cận có khái niệm đối với các vấn đề quân sự và chính sách phòng thủ của các quốc gia thành viên SNG; phát triển các đề xuất nhằm ngăn ngừa xung đột vũ trang trên lãnh thổ các quốc gia thành viên hoặc với sự tham gia của họ; đưa ra các quan điểm chuyên môn về soạn thảo các hiệp định và thỏa thuận liên quan đến vấn đề phòng thủ và quân sự; các vấn đề liên quan đến đề nghị và đề xuất chú ý lên Hội đồng Nguyên thủ quốc gia. Một công việc cũng quan trọng của Hội đồng là theo sát các hành động pháp luật trong khu vực về phát triển phòng thủ và quân sự.

Một biểu thị quan trọng của quá trình hội nhập trong lĩnh vực hợp tác quân sự và phòng thủ của các quốc gia thành viên SNG là tạo ra Hệ thống Phòng thủ hàng không SNG chung vào năm 1995. Trong nhiều năm, các quân nhân trong Hệ thống phát triển gấp đôi dọc theo biên giới phía tây, biên giới châu Âu của SNG, và gấp 1,5 lần tại biên giới phía nam.[32]

Khi Boris Yeltsin trở thành Bộ trưởng Quốc phòng Nga vào ngày 7 tháng 5 năm 1992, nhân vật được bổ nhiệm làm Tổng tư lệnh Quân đội SNG là Yevgeny Shaposhnikov cùng nhân viên của mình bị đẩy khỏi tòa nhà Bộ Quốc phòng và Tổng tư lệnh và được trao cho văn phòng tại trụ sở cũ của Khối Warszawa tại 41 Leningradsky Prospekt[33] ở phía bắc Moskva.[34] Shaposhnikov từ chức vào tháng 6 năm 1993.

Trong tháng 12 năm 1993, trụ sở quân đội SNG bị bãi bỏ.[35] Thay vào đó, 'Hội đồng Bộ trưởng Quốc phòng SNG lập một trụ sở hợp tác phối hợp quân sự SNG (MCCH) tại Moskva, với 50% kinh phí do Nga cung cấp.'[36] Tướng Viktor Samsonov được bổ nhiệm làm tổng tư lệnh. Trụ sở nay chuyển về 101000, Москва, Сверчков переулок, 3/2, và 41 Leningradsky Prospekt do các cơ quan khác của Bộ Quốc phòng Nga tiếp quản.

Các tổng tư lệnh thành viên SNG từng phát biểu ủng hộ hợp nhất quân đội quốc gia của họ.[37]